En los individuos inmunocompetentes, la infección sintomática presenta características similares a las de cualquier patógeno no invasor del intestino delgado, con un perfil sindrómico indiferenciable del de otros coccidios intestinales. El periodo de incubación es variable, de 1 a 14 días, aunque por término medio suele ser de una semana. Los prodromos, de 1 a 2 días de duración, consisten en malestar general y febrícula. La fase de estado se caracteriza por la aparición abrupta de diarrea acuosa, con 5 a 10 deposiciones diarias, acompañada de astenia, anorexia, nauseas, vómitos, flatulencia y, ocasionalmente, de dolor abdominal, esteatorrea, malabsorción de D-xilosa, y mialgias. La diarrea inicial dura de tres a cuatro días, pero a los pocos días, y durante varias semanas, aparecen episodios diarreicos intermitentes, de intensidad variable, que pueden determinar una perdida de masa corporal del 5 al 10%. En los periodos no diarreicos se mantienen la astenia y la anorexia. La duración de la diarrea es muy variable, oscilando entre 4 y 107 días, con una media de cuatro a nueve semanas. La resolución de los síntomas se produce de forma abrupta y se asocia con la desaparición de los ooquistes fecales. En los pacientes inmunodeprimidos, el cortejo sintomático es similar al observado en los pacientes inmunocompentes aunque, a diferencia de éstos, en los que el proceso es autolimitado, en los primeros es más insidioso y prolongado en el tiempo, con tendencia a la cronificación, y siempre revistiendo una mayor gravedad. Aunque C. cayetanensis es un patógeno intestinal primario, también ha sido relacionado con la producción de colecistitis alitiásica en pacientes infectados por el virus de la inmunodeficiencia humana, y con los síndromes de Reiter y de Guillain-Barré. También se ha descrito una infección broncopulmonar en un paciente excretor fecal de ooquistes.

El diagnóstico de laboratorio de la ciclosporiosis es directo, y se basa en la observación microscópica de los ooquistes inmaduros en preparaciones húmedas, o en tinciones diferenciales, realizadas a partir de heces frescas o conservadas. Es aconsejable la concentración fecal, mediante centrifugación, Ritchie modificado, o flotación, sacarosa de Sheather, en muestras seriadas de heces, dada la baja o moderada, e incluso discontinua, excreción de ooquistes. En las preparaciones húmedas, los ooquistes de este organismo se observan como esférulas de 8-10 µm de diámetro, hialinas, no refráctiles, con una mórula formada por 6 a 9 glóbulos refráctiles verdosos. Las tinciones diferenciales se utilizan para demostrar la característica ácido-alcohol resistencia de los ooquistes de este organismo. Mediante la tinción de Ziehl-Neelsen modificada, los ooquistes se observan como estructuras esféricas de 8 a 10 µm, unas veces incoloras, otras de color rosado o rojo intenso de aspecto moteado, mientras que con fluorocromos (vg. auramina-rojo de tiazina) aparecen como esférulas de pared fluorescente, en grado variable. La observación en preparaciones húmedas de los típicos ooquistes, con la mórula interna, permite efectuar el diagnóstico de certeza de la parasitación. Sin embargo, su detección mediante tinciones diferenciales plantea problemas de diferenciación con las especies de Cryptosporidium parásitas del hombre, C. parvum y C. muris, especialmente esta última. La diferenciación se realiza atendiendo a las características morfométricas y a la autofluorescencia parietal de los ooquistes de C. cayetanensis, azul con filtro de 365 nm o verde con filtro de 450 a 490 nm